I DUE COLORI PRINCIPALI DI TUTTI I CANIDI SONOIL NERO E IL ROSSO, successivamente da essi derivano tutti gli altri colori a causa di geni dominanti e recessivi e alle modificazione di essi.

NERO
l nero nel chihuahua è un colore complicato. Nelle altre razze il nero o il nero focato, accoppiati tra loro, producono solo soggetti neri, nero focati o al limite, blue o cioccolato, che non sono altro che diluzioni del nero. Il più delle volte sarà così anche per il chihuahua, ma, in alcuni casi, è stato osservato che due soggetti neri hanno prodotto uno o più cuccioli rossi o crema, manifestando così la capacità del nero di essere portatore di altri colori.
ROSSO
Definiremo un cane “rosso” quando ha il mantello formato unicamente da peli di questo colore. Nel chihuahua, il rosso può essere omozigote, quindi produrrà solo cuccioli rossi, oppure può essere eterozigote e di conseguenza portatore di tutti gli altri colori presenti nella razza. Un rosso omozigote è dominante sul nero focato. E’ da tenere presente che il rosso è il colore più comune e diffuso nel chihuahua.
SABBIA
Il sabbia è pressoché identico al rosso e si comporta geneticamente nello stesso modo. L’unica differenza tra i due colori sta nella presenza di peli di colore nero mischiati ai peli rossi. Il sabbia può variare di molto, da un wolf sable con una massiccia presenza di peli neri mischiati ai rossi, fino ad un sabbia dorato chiarissimo, che apparentemente non presenta pelo nero. Alcuni esemplari perdono del tutto il nero nella crescita, ma geneticamente sono in grado di riprodurlo. E’ la pigmentazione della pelle, del tartufo e delle rime palpebrali e labiali che generalmente in età adulta ci fa distinguere un crema da un sabbia, mentre non è possibile in età adulta distinguere un rosso da un sabbia che ha perso il nero durante la crescita.
BRINDLE
Il brindle non è molto diffuso, ma è presente nel chihuahua. E’ un gene che crea delle striature nere più o meno estese sui mantelli rossi. Ma può creare anche striature rosse sui mantelli neri, striature blue su mantelli crema e striature crema su mantelli blue. E’ una caratteristica dominante e perciò per ottenere un cucciolo brindle, almeno uno dei due genitori deve essere brindle

MASCHERA NERA
A volte i nostri chihuahua presentano una mascherina nera che può essere limitata al muso o estendersi fino alle orecchie. Essa è prodotta da un gene che ne determina anche intensità e diffusione. La maschera sembra avere caratteristiche dominanti, quindi accoppiando un soggetto con maschera con uno senza, dovremmo ottenere tutti cuccioli con maschera nera più o meno estesa. Essendo un’estensione del pigmento nero di labbra e naso, nei soggetti con maschera la pigmentazione è sempre molto scura, anche in quelli che presentavano la maschera solo nelle prime settimane di vita.
CREMA
Tanto apprezzato dai neofiti, il crema non è altro che una diluizione del rosso. Il gene crema schiarisce il rosso, rendendolo crema, schiarisce anche la pigmentazione della pelle, del tartufo e delle rime palpebrali e labiali, che possono apparire marroni scuro o chiaro, fino al rosa o anche grigiastre: questo, quando nella linea di sangue siano presenti dei blue. Il crema è recessivo rispetto al rosso o al nero; quindi due soggetti crema accoppiati tra loro produrranno solo cuccioli crema.
BIANCO
Per le macchie bianche esiste un gene a parte, che potremmo definire “gene varechina” e che in realtà scolorisce soltanto il colore di base del mantello, con macchie bianche più o meno estese. Bisogna fare attenzione a cani completamente bianchi, in quanto alla depigmentazione totale del mantello possono essere associati problemi di sordità, patologia presente, ad esempio, nelle razze a mantello completamente bianco, come al dogo argentino. Non bisogna confondere il crema chiaro, molto diffuso nel chihuahua, con il bianco totale, contrariamente molto raro e generalmente riconoscibile da una non completa pigmentazione del tartufo e delle rime palpebrali e labiali. Il bianco si somma: se accoppiamo due soggetti a macchie bianche avremo una percentuale di cuccioli con macchie bianche più estese dei loro genitori. Per questo motivo, per evitare i bianchi totali, potenzialmente sordi, sarà bene non esagerare con il bianco quando decidiamo un eventuale accoppiamento.
CIOCCOLATO
Il colore cioccolato è determinato da un gene che schiarisce il pigmento nero rendendolo marrone. Ha effetto su tutti i tipi di pigmento nero, sia dal pelo che dalla pigmentazione di pelle, naso, occhi, rime palpebrali e labiali. Tutto assume un colore marrone più o meno intenso e gli occhi assumono un colore marrone così chiaro da sembrare giallo, a volte con sfumature verdi. Questo gene agisce indistintamente su cani neri o rossi. Se presente sul nero, avremo un cane cioccolato come siamo abituati ad immaginare, tutto marrone, con o senza focature; se invece agisce sul rosso, non modificherà il pigmento rosso ma soltanto ciò che di nero è presente sul cane rosso, quindi occhi, naso, labbra ed eventuali peli neri presenti sul mantello rosso sabbia. Quest’ultimo colore, definito chocolate fawn, non è particolarmente attraente e andrebbero evitati accoppiamenti di cioccolato con rosso. Il cioccolato andrebbe idealmente accoppiato solo con il nero. Teoricamente, due soggetti cioccolato dovrebbero produrre solo cuccioli cioccolato ma, per lo stesso meccanismo del nero, a volte otteniamo cuccioli crema da due cioccolato o cuccioli rossi da un cioccolato ed un nero. La selezione del cioccolato è leggermente indietro rispetto agli altri colori. Negli ultimi anni, diversi seri allevatori si stanno dedicando alla selezione di questo colore e si cominciano a vedere i primi buoni risultati sui ring.
BLUE
Il blue è purtroppo un colore tanto attraente quanto problematico: ad esso può essere ad esempio associato un gene che porta l’alopecia. Ciò non significa che tutti i blue siano glabri, ma solo che alcuni di essi possono esserlo. Non esiste una grande statistica sugli accoppiamenti tra cani blue, in quanto si tende ad evitarli per non correre il rischio di aumentare i cani affetti da alopecia o portatori. Si possono comunque ottenere blue affetti da alopecia da riproduttori di qualsiasi colore: basta che siano portatori di blue affetto da alopecia; quindi, praticamente impossibile evitare totalmente il blue. Si può evitare solo utilizzando linee di sangue che non portino nero, quindi chihuahua che riproducano solo rosso o crema.
BLUE FAWN
E’ un rosso, ma con pigmentazione blue. Ha la particolarità di nascere con uno splendido colore argentato, che purtroppo con l’età cambia in varie sfumature di rosso, distinguendosi dal rosso solo per la pigmentazione blue. Come per il ciocolate fawn, il blue fawn può presentare una maschera blue invece che nera.
LILLAC
Tonalità tra il blu e il viola molto particolare…si manifesta solo dall’incrocio indiretto(ovvero un genitore blu e l’altro portatore di cioccolato, oppure il contrario uno cioccolato e l’altro portatore di blu)di blu e cioccolato. Il blu fawn in realtà è un beige con una leggera sfumatura lungo la linea dorsale e a volte nella coda di blu.
MERLE
Fortunatamente lo standard ha escluso il merle tra i colori ammessi con modifica in vigore dal 21 Ottobre 2009 dunque dopo questa data i chihuahua merle non possono essere denominati chihuahua ma meticci.
Il merle non esiste naturalmente come colore nella razza: la sua recente e ampia diffusione fa pensare quindi che ciò non sia dovuto a una mutazione spontanea, quanto piuttosto ad accoppiamenti di chihuahua con altre razze (per esempio bassotti e spitz). I chihuahua merle quindi non sono di razza pura, ma incroci tra razze diverse: per questo motivo – e per i vari problemi che il gene merle porta con sé ,infatti il merle, soprattutto quando si presenta nella forma omozigote, porta con sé gravi patologie quali cecità e sordità.
Diversi studi hanno dimostrato che nei merle ritroviamo più spesso mancanza del Tapetum Lucidum (uno strato riflettente posto dietro o all’interno della retina degli occhi che aumenta la capacità visiva in condizioni di bassa luminosità), mancanza del pigmento retinico, microftalmia, micro cornea, microcora, infezioni all’orecchio medio, sterilità,emofilia. I problemi congeniti che il merle porta con sé possono comparire in qualsiasi momento ed è vivamente sconsigliato far accoppiare due chihuahua merle in quanto: visto che entrambi sono portatori del gene, aumenta ancora di più la probabilità che i cuccioli manifestino delle patologie.